Organe suprême de la Facilité, le Conseil de gouvernance (CGo) est investi de l’ensemble des pouvoirs de l’organisation et se compose de 12 membres et de 12 membres suppléants issus des collèges électoraux suivants :
- Etats membres régionaux : cinq (5) membres et cinq (5) membres suppléants représentant les Etats participants ayant la qualité de Membres régionaux du Groupe de la Banque africaine de développement, un pour chacune des cinq régions de l’Afrique ;
- Etats membres de l’Organisation de coopération et de développement économique (OCDE) : quatre (4) membres et quatre (4) suppléants représentant les Etats participants ;
- Etats membres non-OCDE : un membre et un membre suppléant représentant les Etats participants non-régionaux et non-OCDE ;
- Groupe de la Banque africaine de développement (BAD) : un membre et un membre suppléant ; et
- Organisations internationales : un membre et un membre suppléant représentant les organisations internationales autres que la BAD, qui sont parties à l’Accord.
Les Membres et Membres suppléants du CGo sont nommés pour une période de deux (2) ans.